본 총회는 종교개혁의 신앙 유산을 계승하여, 하나님의 절대주권과 언약 신학, 오직 은혜(Sola Gratia), 오직 믿음(Sola Fide), 오직 그리스도(Solus Christus)의 복음 진리를 중심에 둡니다. 우리의 교리적 기준은 웨스트민스터 신앙고백과 대·소요리문답이며, 이를 통해 교회의 신앙과 질서를 견고히 세워갑니다.

대한예수교장로회 합동선교총회는 교회의 머리 되신 예수 그리스도의 통치를 고백하며, 장로회 정치 원리에 따라 질서 있고 성경적인 치리를 실천합니다. 우리는 교회의 거룩성과 공교회성을 보존하며, 바른 교리 수호와 건전한 목회 질서 확립을 사명으로 삼고 있습니다.

또한 본 총회는 복음 전파와 세계 선교를 핵심 사명으로 하여, 교회를 세우고 다음 세대를 양육하며, 말씀 중심의 예배와 개혁주의 신앙교육을 통해 건강한 교회를 이루어 가는 것을 목표로 합니다.
모든 사역은 하나님의 영광(Soli Deo Gloria)을 최우선 가치로 삼아 이루어집니다.

대한예수교장로회 합동선교총회는 시대의 변화 속에서도 진리의 말씀 위에 굳게 서서, 개혁된 교회는 항상 개혁되어야 한다(Ecclesia Reformata, Semper Reformanda)는 정신으로 교회와 민족을 섬기고자 합니다.